Dybbøl Mølle var en hollandsk vindmølle bygget i træ i 1744. Den lå vest for Sønderborg på Dybbøl Banke. Den brændte i år 1800. Den 7. juli 1936 indviedes den nuværende og femte mølle på stedet. Den malede korn til 1990.
Møllen var centrum for voldsomme kampe i både 1848-1849 og 1864, de slesvigske krige. Møllen blev ødelagt begge gange, men genopført.1864 oprettede det danske militær en observations- og signalpost i Dybbøl Mølle. Ved hjælp af vingerne var det muligt at signalere til de danske tropper, der var indkvarteret på Als. Fra den 15. marts var møllen under konstant beskydning, og den 10. april blev møllen skudt i brand af de tyske tropper. Møllehatten og vingerne brændte og akselen styrtede ned. Stormen på Dybbøl havde møllen i centrum.Kort efter den 18. april 1864 blev møllen genopført.
Efter 1864 blev møllen og skanserne et nationalt symbol. Skanserne er i nutiden rekonstrueret i forbindelse med Historiecenter Dybbøl Banke vest for møllen, der fortæller om kampene.
1895 blev møllen overtaget af et selskab med fremtrædende danske og dansksindede sønderjyder.
Efter 1. Verdenskrig (1914-1918) og Genforeningen i 1920 blev møllen i 1920 overdraget til en selvejende institution og drevet ved hjælp af forpagtere. 1935 nedbrændte møllen efter en kortslutning, men genopførtes som en næsten en tro kopi.