Hebronsagen blev rejst af Sabroe i 1907, i første omgang i en række artikler iSocial-Demokraten. Dette førte til nedsættelsen af en særlig undersøgelseskommission under forsæde af overretsassessor Frits Schrøder. Retten udførte et meget omfattende og grundigt arbejde med afhøring af vidner, senere publiceret i en diger rapport. Det var rystende kendsgerninger om forholdene på hjemmet, der blev bragt for en dag, især hvad angår afstraffelsesmetoderne. Der blev straffet for selv småforseelser som at brække en tand i en kam eller snakke ved bordet, mens de hårdeste straffe blev idømt for tyveri og rømninger. Afstraffelserne rakte fra lussinger og slag med ris, til indespærring på kammer eller i “mørk arrest”, af og til i dagevis. Indespærring blev ofte suppleret med fratagelse af mad og drikke.

Der var eksempler på piger, som havde tørstet i flere døgn. Det viste sig dog hurtigt uhyre vanskeligt at nå til bunds i sagen. Det særlige ved EBs indremissionske pædagogik var nemlig, at hun forenede ris og kærtegn.Mange af pigerne udtalte, at de var tilfredse og godt kunne lide hende. Andre blev under de gentagne afhøringer grebet i løgne og stærkt overdrevne anklager. EB blev som led i sagen undersøgt for hermafrodisme, men erklæret for normal. Undersøgelsesrettens rapport gav ikke grundlag for at rejse tiltale mod hende, men hårdt presset af anklagerne tog hun selv sin afsked ved udgangen af 1907. Vanskelighederne med at afdække sagsforløbet fremgik også af den injuriesag, som hun samtidig med rettens arbejde havde rejst mod Sabroe. Han svarede igen med vidneafhøringer, der dog viste sig at være så løgnagtige, at han senere blev beskyldt for at have opfordret pigerne til mened. EB valgte efter vidneafhøringerne at hæve sagen, der således aldrig afsluttedes med dom.

Rigsdagen diskuterede ved flere lejligheder sagen på Sabroes foranledning. Mest berømt blev nok hans fremvisning i Rigsdagen af ildelugtende fedtegrever, beregnet for hunde, men almindelig spise blandt de sultende Hebronpiger. Sabroes stærke kritik af forholdene på Hebron var uden tvivl berettiget, men også præget af stærke overdrivelser. Offentlighedens reaktioner var blandede, men alle var dog enige om behovet for en reform på børneinstitutionsområdet. Sagens langsigtede og positive betydning lå således i, at den medvirkede til at fremskynde en reform på området, indledt med nedsættelsen af en kommission i 1910. Der skulle dog gå en del år, før Børneloven af 1905 afløstes af Værgerådsloven af 1922.